REF : IMG Determinación de la informatividad de los polimorfismos en quimeras hematopoyéticas mediante PCR a tiempo real

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Lucía Martínez Alvarado
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mediante PCR a tiempo real REF : IMG-116-24

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1 Determinación de la informatividad de los polimorfismos en quimeras hematopoyéticas mediante PCR a tiempo real REF : IMG Fabricado por: Instituto de Medicina Genómica SL Agustín Escardino 9, Parc Científic de la Universitat de València Paterna (Valencia, España) info@imegen.es imegen.es Rev /07/2018 Página 1 de 16

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4 IMG imegen Quimera Screening Multiplex I imegen Quimera dpcr (REF: Tabla 5) Rev /07/2018 Página 4 de 16

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8 Tabla 1. Componentes del kit imegen-quimera Screening Multiplex I Tubo Reacciones INDELs Conservación Rehidratación 1 10 Reacciones Q116-6I Q116-3I 4ºC 30 μl de agua/vial* 2 10 Reacciones Q116-11I 4ºC 30 μl de agua/vial* Q116-10D 3 10 Reacciones 4 10 Reacciones Q116-4I Q116-5D Q116-5I Q116-4D 4ºC 30 μl de agua/vial* 4ºC 30 μl de agua/vial* 5 10 Reacciones Q116-10I 4ºC 30 μl de agua/vial* Q116-20I 6 10 Reacciones Q116-7I Q116-12D 4ºC 30 μl de agua/vial* 7 10 Reacciones Q116-12I 4ºC 30 μl de agua/vial* Q116-9I 8 10 Reacciones Q116-8I Q116-23I 4ºC 30 μl de agua/vial* Rev /07/2018 Página 8 de 16

9 Tabla 2. Equipos no suministrados con imegen-quimera Screening Multiplex I Equipos 1 Termociclador de PCR a tiempo real 2 Micropipetas (10 µl, 20 µl y 200 µl) Tabla 3. Reactivos no suministrados con imegen-quimera Screening Multiplex I Reactivos 1 Master Mix 2X (ADN Polimerasa HotStart) 2 Agua libre de nucleasas Tabla 4. Materiales no suministrados con imegen-quimera Screening Multiplex I Materiales 1 Placas ópticas de 96 pocillos o tubos ópticos de 0,2 ml 2 Film óptico para placa de 96 pocillos o tapas ópticas para tubos de 0,2 ml 3 Puntas de pipetas con filtro (10 µl, 20 µl y 200 µl) 4 Tubos estériles de 1.5 ml 5 Guantes de látex sin polvo Rev /07/2018 Página 9 de 16

10 β Tabla 5. Kits imegen-quimera para seguimiento por PCR a tiempo real INDELs Nombre del Kit Referencia SRY imegen-quimera SRY IMG RhD imegen-quimera RhD IMG Q116-3I imegen-quimera Q116-3I IMG Q116-4I imegen-quimera Q116-4I IMG Q116-5I imegen-quimera Q116-5I IMG Q116-6I imegen-quimera Q116-6I IMG Q116-7I imegen-quimera Q116-7I IMG Q116-8I imegen-quimera Q116-8I IMG Q116-9I imegen-quimera Q116-9I IMG Q116-10I imegen-quimera Q116-10I IMG Q116-11I imegen-quimera Q116-11I IMG Q116-12I imegen-quimera Q116-12I IMG Q116-4D imegen-quimera Q116-4D IMG Q116-5D imegen-quimera Q116-5D IMG Q116-10D imegen-quimera Q116-10D IMG Q116-23I imegen-quimera Q116-23I IMG Q116-20I imegen-quimera Q116-20I IMG Q116-12D imegen-quimera Q116-12D IMG Q116-23I imegen-quimera Q116-23I IMG Rev /07/2018 Página 10 de 16

11 Tabla 6. Volumen de rehidratación de los componentes del kit Reactivos Másters de Screening Rehidratación 33 μl de agua/vial* Rev /07/2018 Página 11 de 16

12 Tabla 7. Información de las sondas incluidas en el kit imegen-quimera Screening Multiplex I Tubo INDELs Inserción (Alelo +) Deleción (Alelo -) Marcaje Q116-6I X FAM TM Q116-3I X VIC Q116-11I X FAM TM Q116-10D X VIC Q116-4I X FAM TM Q116-5D X VIC Q116-5I X VIC Q116-4D X FAM TM Q116-10I X VIC Q116-20I X FAM TM Q116-7I X FAM TM Q116-12D X VIC Emisor o Quencher MGB Rev /07/2018 Página 12 de 16

13 Tubo 7 8 INDELs Inserción (Alelo +) Deleción (Alelo -) Marcaje Q116-12I X FAM TM Q116-9I X VIC Q116-8I X VIC Q116-23I X FAM TM Emisor o Quencher MGB Tabla 8. Programa de PCR óptimo para el 7500 FAST o StepOne Plus Campos Etapa 1 Activación enzimática Etapa 2 PCR Nº de Ciclos 1 ciclo inicial Desnaturalización 50 ciclos Unión de cebadores / Extensión Temperatura 95ºC 95ºC 60ºC Tiempo 10 minutos 15 segundos 1 minuto* Tabla 9. Programa de PCR óptimo para Lightcycler 480 Campos Etapa 1 Activación enzimática Etapa 2 PCR Etapa 3 50 ciclos Nº de Ciclos 1 ciclo inicial Desnaturalización Unión de cebadores Extensión 1 ciclo final Temperatura 95ºC 95ºC 60ºC 72ºC 40ºC Tiempo 10 minutos 5 segundos 10 segundos 15 segundos* 20 segundos Rev /07/2018 Página 13 de 16

14 Tabla 10. Interpretación de los posibles resultados obtenidos con imegen-quimera Screening Multiplex I Reactivos Resultados Informatividad Receptor Donante Médula Ósea Órganos sólidos Polimorfismo + + No informativo No informativo Polimorfismo + - Informativo No informativo Polimorfismo - - No informativo No informativo Polimorfismo - + No informativo Informativo Rev /07/2018 Página 14 de 16

Posibles resultados de los controles y muestras Control Polimorfismo Causa Muestra

15 Figura 2. Vista de la aplicación de seguimiento de pacientes desarrollada por imegen Tabla 11. Posibles resultados de los controles y muestras Control Polimorfismo Causa Muestra analizada Control Negativo de PCR + Resultado esperado - Resultado esperado - Resultado esperado + Contaminación de la PCR con ADN humano 1 Rev /07/2018 Página 15 de 16

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