El desafío de identificar correctamente Enterobacterias. María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga

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1 El desafío de identificar correctamente Enterobacterias. María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga

2 CARACTERÍSTICAS COCOBACILOS : 0,4-0,6 µm x 2-3 µm GRAM NEGATIVOS NO ESPORULADOS, ANAEROBIOS FACULTATIVOS, MÓVILES O INMÓVILES FERMENTAN GLUCOSA, CATALASA POSITIVOS, OXIDASA NEGATIVOS

3 TAXONOMÍA SECCIÓN 5, 2 da EDICIÓN BERGEY 41 GÉNEROS Y CIENTOS DE ESPECIES CLASIFICACIÓN POR CRITERIOS BIOQUÍMICOS Y ANTIGÉNICOS ACTUALMENTE CRITERIOS GENÉTICOS: HIBRIDACIÓN ADN, SECUENCIACIÓN ADN Y ARNr 16S

4 Familia Enterobacteriaceae 8 Tribus con los correspondientes géneros en cada una de ellas Tribu I: ESCHERICHIEAE: Género I: Escherichia / Género II: Shigella Tribu II: EDWARSIELLEAE : Género I: Edwarsiella Tribu III: SALMONELLEAE: Género I : Salmonella Tribu IV: CITROBACTEREAE : Género I : Citrobacter Tribu V: KLEBSIELLEAE: Género I: Klebsiella / Género II: Enterobacter Género III: Hafnia/ Género IV: Serratia Tribu VI: PROTEEAE: Género I: Proteus / Género II: Morganella Género III: Providencia Tribu VII: YERSINIEAE : Género I : Yersinia Tribu VIII: ERWINIEAE : Género I: Erwinia

5 PODER PATÓGENO ALREDEDOR DE 28 ESPECIES TIENEN IMPORTANCIA CLÍNICA CAUSANTES DE DIVERSOS CUADROS CLÍNICOS PATÓGENAS VERDADERAS O PRIMARIAS PATÓGENAS OPORTUNISTAS O POTENCIALES

6 TIPIFICACIÓN BIOTIPIFICACIÓN: CARACTERES BIOQUÍMICOS SEROTIPIFICACIÓN: ANTÍGENOS O (SOMÁTICOS), K ó Vi (CAPSULARES) y H (FLAGELARES) SEROGRUPOS Y SEROTIPOS

7 TIPIFICACIÓN FAGOTIPIFICACIÓN: DE VALOR EN Salmonella y E. coli PATRÓN DE RESISTENCIA A LOS ANTIMICROBIANOS GENOTIPIFICACIÓN MOLECULAR: GRUPOS CLONALES, etc.

8 Antígenos de Enterobacteriaceae K Ag

9

10 Enterobacterias frecuentes con significación clínica Citrobacter freundii, Citrobacter koserí Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae Escheríchia coli Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca Morganella morganii Proteus mirabilis, Complejo Proteus vulgarís Salmonella entérica Serratia marcescens Shigella sonnei, Shigella flexneri Yersinia pestis, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis

11 AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN MEDIOS COMUNES MEDIOS SELECTIVOS/DIFERENCIALES INHIBEN CRECIMIENTO DE GRAM POSITIVAS Y OTRAS GRAM NEGATIVAS NO ENTÉRICAS CITRATO SÓDICO, EOSINA, SALES BILIARES, CRISTAL VIOLETA, etc.

12 AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN MUESTRAS EXTRAINTESTINALES (sangre, orina, material de abscesos y heridas,tracto respiratorio) Medios enriquecidos/ Cromogénicos Agar Mac Conkey, EMB. MUESTRAS INTESTINALES: Selectivos- diferenciales Enriquecimiento previo

13 Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias? Oxidasa

14 Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias? 1- Shigella 2- Grupo KES 3- E.coli

15 TSI

16 TRIBU I : ESCHERICHIEAE

17 Mac Conkey Sorbitol Mac Conkey

18 Cómo diferenciamos Shigella de E.coli? Pruebas E.coli Shigella Indol + (96,3) - ó + (37,8) Lisina decarboxilasa D (80,6) - (0) Ornitina decarbox. D (57,8) - ó + (20) Lactosa + (91,6) - (0,3) Acetato de sodio + (83,3) - (0) Gas de glucosa + (92) - (2,1) Motilidad + ó (62,1) - (0)

19 RM VP

20

21 Diferenciación de Shigella

22 E.coli Shigella

23 TSI LIA Acetato

24 MIO ONPG

25 Clasificación Serológica Especie Serogrupo Serotipo S. dysenteriae A 1-12 S. flexneri B 1-6 S. boydii C 1-18 S. sonnei D 1

26

27 TRIBU II: EDWARDSIELLEAE Indol Trehalosa (fermentación) Manitol, sacarosa (ferm) Arabinosa (fermentación) Malonato (utilización) Movilidad a 37ºC Habitad Prueba bioquímica E.tarda Lactosa (fermentación) - SH /+ - + Hombre y animales

28 TRIBU III:SALMONELLEAE GÉNERO I: Salmonella Salmonella entérica Salmonella bongori

29 Salmonella enterica subesp. enterica (I) Prueba bioquímica Sal.subesp.(I) Lactosa (fermentación)*** - ONPG - SH2 + Glucosa (fermentación)*** +/ con gas Rojo de Metilo* + Voges Proskauer* - Lisina decarboxilasa** + Ornitina decarboxilasa** + Arginina dehidrolasa** + Urea (hidrólisis)** - Malonato (utilización)* - Citrato Simmons** + *Lectura a los 2días **Lectura hasta los 4 días ***Lectura hasta los 7 días Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

30 Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Proteus mirabilis Prueba bioquímica Salmonella entérica subesp.enterica(i) Proteus mirabilis SH2 + + Urea (hidrólisis) - + Fenilalaninadeaminasa - + Lisina decarboxilasa + - Ornitina decarboxilasa + + Lactosa (fermentación) - - Dulcita (fermentación) + - ONPG % o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

31 Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Citrobacter freundii Prueba bioquímica Salm entérica subesp.enterica(i) Citrobacter freundii SH2 + + Urea (hidrólisis) - d Lisina decarboxilasa + - Ornitina decarboxilasa + d Lactosa (fermentación) - d Sacarosa (fermentación) - d Dulcita (fermentación) + d Malonato (utilización) - d ONPG % o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

32 Diferencias entre Salmonella enterica subesp.enterica (I), Edwarsiella tarda y Escherichia coli SH2 + Pruebas bioquímicas Salmonella entérica subesp. enterica(i) E.Tarda E.coli SH2+ Indol Citrato Simmosns Lisina decarboxilasa Arginina dehidrolasa + - -/+ Manita (fermentación) Dulcita (fermentación) + - +/- Ramnosa (fermentación) Xylosa (fermentación) ONPG % o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

33

34 AGAR SS

35 AGAR RAMBACH TSI de Salmonella LIA de Salmonella

36 S.Paratyphi A

37 S. Typhi

38 AGAR XLD

39 TRIBU IV: CITROBACTEREAE

40 Prueba bioquímica Citrobacter spp Movilidad + Citrobacter freundii Manitol (fermentación) + Lisina decarboxilasa - ONPG + Citrato de Simmons + Rojo de Metilo + Voges- Proskauer - Para diferenciar especies, recurrir a las siguientes pruebas: H2S Indol Malonato (fermentación) ODC Adonitol (fermentación) Melibiosa (fermentación) Sacarosa Dulcitol

41 En cepas de Citrobacter freundii pueden ocurrir reacciones atípicas como: ONPG: - ( diferenciar con Salmonella) O clasificadas como S. arizonae por compartir los siguientes caracteres: SH2 +/ ONPG +/ y un perfil de H de carbono muy parecidos También hay cepas SH2:- y Citrato: -

42 TRIBU V: KLEBSIELLEAE

43 GRUPO KES Klebsiella

44 Brock Biología de los Microorganismos 10ª edic.

45

46 Enterobacter aerogenes Pantoea agglomerans

47 Prueba bioquímica E. cloacae E. aerogenes Movilidad + + Lisina decarboxilasa - + Arginina dehidrolasa + -

48 Serratia marcescens D-xylosa(-) D-manosa (+)

49

50 (+) DNAsa (-)

51 Prueba bioquímica Serratia marcescens Serratia liquefaciens Arabinosa (fermentación) - + Xilosa (fermentación) - + Melibiosa (fermentación) - + Rafinosa (fermentación) - + Pigmento rojo d - Se han descripto cepas de S.marcescens excepcionalmente atípicas: lactosa +,o lactosa y rafinosa +, nitrato reductasa -, mucosas y V P -

52 Hafnia alvei ONPG:+, Movilidad:- (37ºC) y +(22ºC), Lisina decarboxilasa:+, ODC:+,ADH:-, Lactosa :- Hay cepas ONPG:- se pueden confundir con Salmonella: Citrato:-, SH2:- Cepas Urea+ (5%) se pueden confundir con Yersinia enteroclotica: diferenciar con LIA:+, Sorbitol:-, Sacarosa:-

53 TRIBU VI: PROTEEAE

54 Proteus

55 Diferenciación entre los géneros Proteus, Providencia y Morganella Test Bioquímicos Proteus a Providencia a Morganella a Citrato V + - Ferm de D- Manosa Liquefacción de gelatina 22ºC H2S en TSI + - V Ferm myo-inositol - V - Ornitina decarboxilasa V - (+) Swarmming Hidrólisis de urea + V + a reacciones dentro de las 48 hs +: % de positivo (+): 75 89,9% de positivo (-) 10,1 a 25 5 de positivo -: 0 10% de positivo O Hara y col Clin Microb Rev

56 Proteus

57 TRIBU VI: YERSINIEAE Género: Yersinia Prueba bioquímica Y.enterocolitica TSI Urea (hidrólisis a 35ºC,1-4 días) Lactosa (fermentación) Fenil alanita deaminasa Rammonsa (fermentación a 25ºC) VP (22º-25ºC) K/A sin gas SH

58

59 Medios cromogénicos- BD CHROMagar Orientation Medium Grupo KES Grupo PMP/ Pae E.coli

60 CPSID3

61

62

63 E.coli

64

65 VITEK

66 María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga

67 El desafío de identificar correctamente Enterobacterias. María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga

68 CARACTERÍSTICAS COCOBACILOS : 0,4-0,6 µm x 2-3 µm GRAM NEGATIVOS NO ESPORULADOS, ANAEROBIOS FACULTATIVOS, MÓVILES O INMÓVILES FERMENTAN GLUCOSA, CATALASA POSITIVOS, OXIDASA NEGATIVOS

69 TAXONOMÍA SECCIÓN 5, 2 da EDICIÓN BERGEY 41 GÉNEROS Y CIENTOS DE ESPECIES CLASIFICACIÓN POR CRITERIOS BIOQUÍMICOS Y ANTIGÉNICOS ACTUALMENTE CRITERIOS GENÉTICOS: HIBRIDACIÓN ADN, SECUENCIACIÓN ADN Y ARNr 16S

70 Familia Enterobacteriaceae 8 Tribus con los correspondientes géneros en cada una de ellas Tribu I: ESCHERICHIEAE: Género I: Escherichia / Género II: Shigella Tribu II: EDWARSIELLEAE : Género I: Edwarsiella Tribu III: SALMONELLEAE: Género I : Salmonella Tribu IV: CITROBACTEREAE : Género I : Citrobacter Tribu V: KLEBSIELLEAE: Género I: Klebsiella / Género II: Enterobacter Género III: Hafnia/ Género IV: Serratia Tribu VI: PROTEEAE: Género I: Proteus / Género II: Morganella Género III: Providencia Tribu VII: YERSINIEAE : Género I : Yersinia Tribu VIII: ERWINIEAE : Género I: Erwinia

71 PODER PATÓGENO ALREDEDOR DE 28 ESPECIES TIENEN IMPORTANCIA CLÍNICA CAUSANTES DE DIVERSOS CUADROS CLÍNICOS PATÓGENAS VERDADERAS O PRIMARIAS PATÓGENAS OPORTUNISTAS O POTENCIALES

72 TIPIFICACIÓN BIOTIPIFICACIÓN: CARACTERES BIOQUÍMICOS SEROTIPIFICACIÓN: ANTÍGENOS O (SOMÁTICOS), K ó Vi (CAPSULARES) y H (FLAGELARES) SEROGRUPOS Y SEROTIPOS

73 TIPIFICACIÓN FAGOTIPIFICACIÓN: DE VALOR EN Salmonella y E. coli PATRÓN DE RESISTENCIA A LOS ANTIMICROBIANOS GENOTIPIFICACIÓN MOLECULAR: GRUPOS CLONALES, etc.

74 Antígenos de Enterobacteriaceae K Ag

75

76 Enterobacterias frecuentes con significación clínica Citrobacter freundii, Citrobacter koserí Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae Escheríchia coli Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca Morganella morganii Proteus mirabilis, Complejo Proteus vulgarís Salmonella entérica Serratia marcescens Shigella sonnei, Shigella flexneri Yersinia pestis, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis

77 AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN MEDIOS COMUNES MEDIOS SELECTIVOS/DIFERENCIALES INHIBEN CRECIMIENTO DE GRAM POSITIVAS Y OTRAS GRAM NEGATIVAS NO ENTÉRICAS CITRATO SÓDICO, EOSINA, SALES BILIARES, CRISTAL VIOLETA, etc.

78 AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN MUESTRAS EXTRAINTESTINALES (sangre, orina, material de abscesos y heridas,tracto respiratorio) Medios enriquecidos/ Cromogénicos Agar Mac Conkey, EMB. MUESTRAS INTESTINALES: Selectivos- diferenciales Enriquecimiento previo

79 Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias? Oxidasa

80 Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias? 1- Shigella 2- Grupo KES 3- E.coli

81 TSI

82 TRIBU I : ESCHERICHIEAE

83 Mac Conkey Sorbitol Mac Conkey

84 Cómo diferenciamos Shigella de E.coli? Pruebas E.coli Shigella Indol + (96,3) - ó + (37,8) Lisina decarboxilasa D (80,6) - (0) Ornitina decarbox. D (57,8) - ó + (20) Lactosa + (91,6) - (0,3) Acetato de sodio + (83,3) - (0) Gas de glucosa + (92) - (2,1) Motilidad + ó (62,1) - (0)

85 RM VP

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87 Diferenciación de Shigella

88 E.coli Shigella

89 TSI LIA Acetato

90 MIO ONPG

91 Clasificación Serológica Especie Serogrupo Serotipo S. dysenteriae A 1-12 S. flexneri B 1-6 S. boydii C 1-18 S. sonnei D 1

92

93 TRIBU II: EDWARDSIELLEAE Indol Trehalosa (fermentación) Manitol, sacarosa (ferm) Arabinosa (fermentación) Malonato (utilización) Movilidad a 37ºC Habitad Prueba bioquímica E.tarda Lactosa (fermentación) - SH /+ - + Hombre y animales

94 TRIBU III:SALMONELLEAE GÉNERO I: Salmonella Salmonella entérica Salmonella bongori

95 Salmonella enterica subesp. enterica (I) Prueba bioquímica Sal.subesp.(I) Lactosa (fermentación)*** - ONPG - SH2 + Glucosa (fermentación)*** +/ con gas Rojo de Metilo* + Voges Proskauer* - Lisina decarboxilasa** + Ornitina decarboxilasa** + Arginina dehidrolasa** + Urea (hidrólisis)** - Malonato (utilización)* - Citrato Simmons** + *Lectura a los 2días **Lectura hasta los 4 días ***Lectura hasta los 7 días Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

96 Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Proteus mirabilis Prueba bioquímica Salmonella entérica subesp.enterica(i) Proteus mirabilis SH2 + + Urea (hidrólisis) - + Fenilalaninadeaminasa - + Lisina decarboxilasa + - Ornitina decarboxilasa + + Lactosa (fermentación) - - Dulcita (fermentación) + - ONPG % o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

97 Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Citrobacter freundii Prueba bioquímica Salm entérica subesp.enterica(i) Citrobacter freundii SH2 + + Urea (hidrólisis) - d Lisina decarboxilasa + - Ornitina decarboxilasa + d Lactosa (fermentación) - d Sacarosa (fermentación) - d Dulcita (fermentación) + d Malonato (utilización) - d ONPG % o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

98 Diferencias entre Salmonella enterica subesp.enterica (I), Edwarsiella tarda y Escherichia coli SH2 + Pruebas bioquímicas Salmonella entérica subesp. enterica(i) E.Tarda E.coli SH2+ Indol Citrato Simmosns Lisina decarboxilasa Arginina dehidrolasa + - -/+ Manita (fermentación) Dulcita (fermentación) + - +/- Ramnosa (fermentación) Xylosa (fermentación) ONPG % o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

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100 AGAR SS

101 AGAR RAMBACH TSI de Salmonella LIA de Salmonella

102 S.Paratyphi A

103 S. Typhi

104 AGAR XLD

105 TRIBU IV: CITROBACTEREAE

106 Prueba bioquímica Citrobacter spp Movilidad + Citrobacter freundii Manitol (fermentación) + Lisina decarboxilasa - ONPG + Citrato de Simmons + Rojo de Metilo + Voges- Proskauer - Para diferenciar especies, recurrir a las siguientes pruebas: H2S Indol Malonato (fermentación) ODC Adonitol (fermentación) Melibiosa (fermentación) Sacarosa Dulcitol

107 En cepas de Citrobacter freundii pueden ocurrir reacciones atípicas como: ONPG: - ( diferenciar con Salmonella) O clasificadas como S. arizonae por compartir los siguientes caracteres: SH2 +/ ONPG +/ y un perfil de H de carbono muy parecidos También hay cepas SH2:- y Citrato: -

108 TRIBU V: KLEBSIELLEAE

109 GRUPO KES Klebsiella

110 Brock Biología de los Microorganismos 10ª edic.

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112 Enterobacter aerogenes Pantoea agglomerans

113 Prueba bioquímica E. cloacae E. aerogenes Movilidad + + Lisina decarboxilasa - + Arginina dehidrolasa + -

114 Serratia marcescens D-xylosa(-) D-manosa (+)

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116 (+) DNAsa (-)

117 Prueba bioquímica Serratia marcescens Serratia liquefaciens Arabinosa (fermentación) - + Xilosa (fermentación) - + Melibiosa (fermentación) - + Rafinosa (fermentación) - + Pigmento rojo d - Se han descripto cepas de S.marcescens excepcionalmente atípicas: lactosa +,o lactosa y rafinosa +, nitrato reductasa -, mucosas y V P -

118 Hafnia alvei ONPG:+, Movilidad:- (37ºC) y +(22ºC), Lisina decarboxilasa:+, ODC:+,ADH:-, Lactosa :- Hay cepas ONPG:- se pueden confundir con Salmonella: Citrato:-, SH2:- Cepas Urea+ (5%) se pueden confundir con Yersinia enteroclotica: diferenciar con LIA:+, Sorbitol:-, Sacarosa:-

119 TRIBU VI: PROTEEAE

120 Proteus

121 Diferenciación entre los géneros Proteus, Providencia y Morganella Test Bioquímicos Proteus a Providencia a Morganella a Citrato V + - Ferm de D- Manosa Liquefacción de gelatina 22ºC H2S en TSI + - V Ferm myo-inositol - V - Ornitina decarboxilasa V - (+) Swarmming Hidrólisis de urea + V + a reacciones dentro de las 48 hs +: % de positivo (+): 75 89,9% de positivo (-) 10,1 a 25 5 de positivo -: 0 10% de positivo O Hara y col Clin Microb Rev

122 Proteus

123 TRIBU VI: YERSINIEAE Género: Yersinia Prueba bioquímica Y.enterocolitica TSI Urea (hidrólisis a 35ºC,1-4 días) Lactosa (fermentación) Fenil alanita deaminasa Rammonsa (fermentación a 25ºC) VP (22º-25ºC) K/A sin gas SH

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125 Medios cromogénicos- BD CHROMagar Orientation Medium Grupo KES Grupo PMP/ Pae E.coli

126 CPSID3

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129 E.coli

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131 VITEK

132 María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga

133 El desafío de identificar correctamente Enterobacterias. María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga

134 CARACTERÍSTICAS COCOBACILOS : 0,4-0,6 µm x 2-3 µm GRAM NEGATIVOS NO ESPORULADOS, ANAEROBIOS FACULTATIVOS, MÓVILES O INMÓVILES FERMENTAN GLUCOSA, CATALASA POSITIVOS, OXIDASA NEGATIVOS

135 TAXONOMÍA SECCIÓN 5, 2 da EDICIÓN BERGEY 41 GÉNEROS Y CIENTOS DE ESPECIES CLASIFICACIÓN POR CRITERIOS BIOQUÍMICOS Y ANTIGÉNICOS ACTUALMENTE CRITERIOS GENÉTICOS: HIBRIDACIÓN ADN, SECUENCIACIÓN ADN Y ARNr 16S

136 Familia Enterobacteriaceae 8 Tribus con los correspondientes géneros en cada una de ellas Tribu I: ESCHERICHIEAE: Género I: Escherichia / Género II: Shigella Tribu II: EDWARSIELLEAE : Género I: Edwarsiella Tribu III: SALMONELLEAE: Género I : Salmonella Tribu IV: CITROBACTEREAE : Género I : Citrobacter Tribu V: KLEBSIELLEAE: Género I: Klebsiella / Género II: Enterobacter Género III: Hafnia/ Género IV: Serratia Tribu VI: PROTEEAE: Género I: Proteus / Género II: Morganella Género III: Providencia Tribu VII: YERSINIEAE : Género I : Yersinia Tribu VIII: ERWINIEAE : Género I: Erwinia

137 PODER PATÓGENO ALREDEDOR DE 28 ESPECIES TIENEN IMPORTANCIA CLÍNICA CAUSANTES DE DIVERSOS CUADROS CLÍNICOS PATÓGENAS VERDADERAS O PRIMARIAS PATÓGENAS OPORTUNISTAS O POTENCIALES

138 TIPIFICACIÓN BIOTIPIFICACIÓN: CARACTERES BIOQUÍMICOS SEROTIPIFICACIÓN: ANTÍGENOS O (SOMÁTICOS), K ó Vi (CAPSULARES) y H (FLAGELARES) SEROGRUPOS Y SEROTIPOS

139 TIPIFICACIÓN FAGOTIPIFICACIÓN: DE VALOR EN Salmonella y E. coli PATRÓN DE RESISTENCIA A LOS ANTIMICROBIANOS GENOTIPIFICACIÓN MOLECULAR: GRUPOS CLONALES, etc.

140 Antígenos de Enterobacteriaceae K Ag

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142 Enterobacterias frecuentes con significación clínica Citrobacter freundii, Citrobacter koserí Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae Escheríchia coli Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca Morganella morganii Proteus mirabilis, Complejo Proteus vulgarís Salmonella entérica Serratia marcescens Shigella sonnei, Shigella flexneri Yersinia pestis, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis

143 AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN MEDIOS COMUNES MEDIOS SELECTIVOS/DIFERENCIALES INHIBEN CRECIMIENTO DE GRAM POSITIVAS Y OTRAS GRAM NEGATIVAS NO ENTÉRICAS CITRATO SÓDICO, EOSINA, SALES BILIARES, CRISTAL VIOLETA, etc.

144 AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN MUESTRAS EXTRAINTESTINALES (sangre, orina, material de abscesos y heridas,tracto respiratorio) Medios enriquecidos/ Cromogénicos Agar Mac Conkey, EMB. MUESTRAS INTESTINALES: Selectivos- diferenciales Enriquecimiento previo

145 Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias? Oxidasa

146 Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias? 1- Shigella 2- Grupo KES 3- E.coli

147 TSI

148 TRIBU I : ESCHERICHIEAE

149 Mac Conkey Sorbitol Mac Conkey

150 Cómo diferenciamos Shigella de E.coli? Pruebas E.coli Shigella Indol + (96,3) - ó + (37,8) Lisina decarboxilasa D (80,6) - (0) Ornitina decarbox. D (57,8) - ó + (20) Lactosa + (91,6) - (0,3) Acetato de sodio + (83,3) - (0) Gas de glucosa + (92) - (2,1) Motilidad + ó (62,1) - (0)

151 RM VP

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153 Diferenciación de Shigella

154 E.coli Shigella

155 TSI LIA Acetato

156 MIO ONPG

157 Clasificación Serológica Especie Serogrupo Serotipo S. dysenteriae A 1-12 S. flexneri B 1-6 S. boydii C 1-18 S. sonnei D 1

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159 TRIBU II: EDWARDSIELLEAE Indol Trehalosa (fermentación) Manitol, sacarosa (ferm) Arabinosa (fermentación) Malonato (utilización) Movilidad a 37ºC Habitad Prueba bioquímica E.tarda Lactosa (fermentación) - SH /+ - + Hombre y animales

160 TRIBU III:SALMONELLEAE GÉNERO I: Salmonella Salmonella entérica Salmonella bongori

161 Salmonella enterica subesp. enterica (I) Prueba bioquímica Sal.subesp.(I) Lactosa (fermentación)*** - ONPG - SH2 + Glucosa (fermentación)*** +/ con gas Rojo de Metilo* + Voges Proskauer* - Lisina decarboxilasa** + Ornitina decarboxilasa** + Arginina dehidrolasa** + Urea (hidrólisis)** - Malonato (utilización)* - Citrato Simmons** + *Lectura a los 2días **Lectura hasta los 4 días ***Lectura hasta los 7 días Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

162 Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Proteus mirabilis Prueba bioquímica Salmonella entérica subesp.enterica(i) Proteus mirabilis SH2 + + Urea (hidrólisis) - + Fenilalaninadeaminasa - + Lisina decarboxilasa + - Ornitina decarboxilasa + + Lactosa (fermentación) - - Dulcita (fermentación) + - ONPG % o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

163 Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Citrobacter freundii Prueba bioquímica Salm entérica subesp.enterica(i) Citrobacter freundii SH2 + + Urea (hidrólisis) - d Lisina decarboxilasa + - Ornitina decarboxilasa + d Lactosa (fermentación) - d Sacarosa (fermentación) - d Dulcita (fermentación) + d Malonato (utilización) - d ONPG % o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

164 Diferencias entre Salmonella enterica subesp.enterica (I), Edwarsiella tarda y Escherichia coli SH2 + Pruebas bioquímicas Salmonella entérica subesp. enterica(i) E.Tarda E.coli SH2+ Indol Citrato Simmosns Lisina decarboxilasa Arginina dehidrolasa + - -/+ Manita (fermentación) Dulcita (fermentación) + - +/- Ramnosa (fermentación) Xylosa (fermentación) ONPG % o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

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166 AGAR SS

167 AGAR RAMBACH TSI de Salmonella LIA de Salmonella

168 S.Paratyphi A

169 S. Typhi

170 AGAR XLD

171 TRIBU IV: CITROBACTEREAE

172 Prueba bioquímica Citrobacter spp Movilidad + Citrobacter freundii Manitol (fermentación) + Lisina decarboxilasa - ONPG + Citrato de Simmons + Rojo de Metilo + Voges- Proskauer - Para diferenciar especies, recurrir a las siguientes pruebas: H2S Indol Malonato (fermentación) ODC Adonitol (fermentación) Melibiosa (fermentación) Sacarosa Dulcitol

173 En cepas de Citrobacter freundii pueden ocurrir reacciones atípicas como: ONPG: - ( diferenciar con Salmonella) O clasificadas como S. arizonae por compartir los siguientes caracteres: SH2 +/ ONPG +/ y un perfil de H de carbono muy parecidos También hay cepas SH2:- y Citrato: -

174 TRIBU V: KLEBSIELLEAE

175 GRUPO KES Klebsiella

176 Brock Biología de los Microorganismos 10ª edic.

177

178 Enterobacter aerogenes Pantoea agglomerans

179 Prueba bioquímica E. cloacae E. aerogenes Movilidad + + Lisina decarboxilasa - + Arginina dehidrolasa + -

180 Serratia marcescens D-xylosa(-) D-manosa (+)

181

182 (+) DNAsa (-)

183 Prueba bioquímica Serratia marcescens Serratia liquefaciens Arabinosa (fermentación) - + Xilosa (fermentación) - + Melibiosa (fermentación) - + Rafinosa (fermentación) - + Pigmento rojo d - Se han descripto cepas de S.marcescens excepcionalmente atípicas: lactosa +,o lactosa y rafinosa +, nitrato reductasa -, mucosas y V P -

184 Hafnia alvei ONPG:+, Movilidad:- (37ºC) y +(22ºC), Lisina decarboxilasa:+, ODC:+,ADH:-, Lactosa :- Hay cepas ONPG:- se pueden confundir con Salmonella: Citrato:-, SH2:- Cepas Urea+ (5%) se pueden confundir con Yersinia enteroclotica: diferenciar con LIA:+, Sorbitol:-, Sacarosa:-

185 TRIBU VI: PROTEEAE

186 Proteus

187 Diferenciación entre los géneros Proteus, Providencia y Morganella Test Bioquímicos Proteus a Providencia a Morganella a Citrato V + - Ferm de D- Manosa Liquefacción de gelatina 22ºC H2S en TSI + - V Ferm myo-inositol - V - Ornitina decarboxilasa V - (+) Swarmming Hidrólisis de urea + V + a reacciones dentro de las 48 hs +: % de positivo (+): 75 89,9% de positivo (-) 10,1 a 25 5 de positivo -: 0 10% de positivo O Hara y col Clin Microb Rev

188 Proteus

189 TRIBU VII: YERSINIEAE Género: Yersinia Prueba bioquímica Y.enterocolitica TSI Urea (hidrólisis a 35ºC,1-4 días) Lactosa (fermentación) Fenil alanita deaminasa Rammonsa (fermentación a 25ºC) VP (22º-25ºC) K/A sin gas SH

190

191 Medios cromogénicos- BD CHROMagar Orientation Medium Grupo KES Grupo PMP/ Pae E.coli

192 CPSID3

193

194

195 E.coli

196

197 VITEK

198 María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga

199 El desafío de identificar correctamente Enterobacterias. María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga

200 CARACTERÍSTICAS COCOBACILOS : 0,4-0,6 µm x 2-3 µm GRAM NEGATIVOS NO ESPORULADOS, ANAEROBIOS FACULTATIVOS, MÓVILES O INMÓVILES FERMENTAN GLUCOSA, CATALASA POSITIVOS, OXIDASA NEGATIVOS

201 TAXONOMÍA SECCIÓN 5, 2 da EDICIÓN BERGEY 41 GÉNEROS Y CIENTOS DE ESPECIES CLASIFICACIÓN POR CRITERIOS BIOQUÍMICOS Y ANTIGÉNICOS ACTUALMENTE CRITERIOS GENÉTICOS: HIBRIDACIÓN ADN, SECUENCIACIÓN ADN Y ARNr 16S

202 Familia Enterobacteriaceae 8 Tribus con los correspondientes géneros en cada una de ellas Tribu I: ESCHERICHIEAE: Género I: Escherichia / Género II: Shigella Tribu II: EDWARSIELLEAE : Género I: Edwarsiella Tribu III: SALMONELLEAE: Género I : Salmonella Tribu IV: CITROBACTEREAE : Género I : Citrobacter Tribu V: KLEBSIELLEAE: Género I: Klebsiella / Género II: Enterobacter Género III: Hafnia/ Género IV: Serratia Tribu VI: PROTEEAE: Género I: Proteus / Género II: Morganella Género III: Providencia Tribu VII: YERSINIEAE : Género I : Yersinia Tribu VIII: ERWINIEAE : Género I: Erwinia

203 PODER PATÓGENO ALREDEDOR DE 28 ESPECIES TIENEN IMPORTANCIA CLÍNICA CAUSANTES DE DIVERSOS CUADROS CLÍNICOS PATÓGENAS VERDADERAS O PRIMARIAS PATÓGENAS OPORTUNISTAS O POTENCIALES

204 TIPIFICACIÓN BIOTIPIFICACIÓN: CARACTERES BIOQUÍMICOS SEROTIPIFICACIÓN: ANTÍGENOS O (SOMÁTICOS), K ó Vi (CAPSULARES) y H (FLAGELARES) SEROGRUPOS Y SEROTIPOS

205 TIPIFICACIÓN FAGOTIPIFICACIÓN: DE VALOR EN Salmonella y E. coli PATRÓN DE RESISTENCIA A LOS ANTIMICROBIANOS GENOTIPIFICACIÓN MOLECULAR: GRUPOS CLONALES, etc.

206 Antígenos de Enterobacteriaceae K Ag

207

208 Enterobacterias frecuentes con significación clínica Citrobacter freundii, Citrobacter koserí Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae Escheríchia coli Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca Morganella morganii Proteus mirabilis, Complejo Proteus vulgarís Salmonella entérica Serratia marcescens Shigella sonnei, Shigella flexneri Yersinia pestis, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis

209 AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN MEDIOS COMUNES MEDIOS SELECTIVOS/DIFERENCIALES INHIBEN CRECIMIENTO DE GRAM POSITIVAS Y OTRAS GRAM NEGATIVAS NO ENTÉRICAS CITRATO SÓDICO, EOSINA, SALES BILIARES, CRISTAL VIOLETA, etc.

210 AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN MUESTRAS EXTRAINTESTINALES (sangre, orina, material de abscesos y heridas,tracto respiratorio) Medios enriquecidos/ Cromogénicos Agar Mac Conkey, EMB. MUESTRAS INTESTINALES: Selectivos- diferenciales Enriquecimiento previo

211 Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias? Oxidasa

212 Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias? 1- Shigella 2- Grupo KES 3- E.coli

213 TSI

214 TRIBU I : ESCHERICHIEAE

215 Mac Conkey Sorbitol Mac Conkey

216 Cómo diferenciamos Shigella de E.coli? Pruebas E.coli Shigella Indol + (96,3) - ó + (37,8) Lisina decarboxilasa D (80,6) - (0) Ornitina decarbox. D (57,8) - ó + (20) Lactosa + (91,6) - (0,3) Acetato de sodio + (83,3) - (0) Gas de glucosa + (92) - (2,1) Motilidad + ó (62,1) - (0)

217 RM VP

218

219 Diferenciación de Shigella

220 E.coli Shigella

221 TSI LIA Acetato

222 MIO ONPG

223 Clasificación Serológica Especie Serogrupo Serotipo S. dysenteriae A 1-12 S. flexneri B 1-6 S. boydii C 1-18 S. sonnei D 1

224

225 TRIBU II: EDWARDSIELLEAE Indol Trehalosa (fermentación) Manitol, sacarosa (ferm) Arabinosa (fermentación) Malonato (utilización) Movilidad a 37ºC Habitad Prueba bioquímica E.tarda Lactosa (fermentación) - SH /+ - + Hombre y animales

226 TRIBU III:SALMONELLEAE GÉNERO I: Salmonella Salmonella entérica Salmonella bongori

227 Salmonella enterica subesp. enterica (I) Prueba bioquímica Sal.subesp.(I) Lactosa (fermentación)*** - ONPG - SH2 + Glucosa (fermentación)*** +/ con gas Rojo de Metilo* + Voges Proskauer* - Lisina decarboxilasa** + Ornitina decarboxilasa** + Arginina dehidrolasa** + Urea (hidrólisis)** - Malonato (utilización)* - Citrato Simmons** + *Lectura a los 2días **Lectura hasta los 4 días ***Lectura hasta los 7 días Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

228 Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Proteus mirabilis Prueba bioquímica Salmonella entérica subesp.enterica(i) Proteus mirabilis SH2 + + Urea (hidrólisis) - + Fenilalaninadeaminasa - + Lisina decarboxilasa + - Ornitina decarboxilasa + + Lactosa (fermentación) - - Dulcita (fermentación) + - ONPG % o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

229 Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Citrobacter freundii Prueba bioquímica Salm entérica subesp.enterica(i) Citrobacter freundii SH2 + + Urea (hidrólisis) - d Lisina decarboxilasa + - Ornitina decarboxilasa + d Lactosa (fermentación) - d Sacarosa (fermentación) - d Dulcita (fermentación) + d Malonato (utilización) - d ONPG % o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

230 Diferencias entre Salmonella enterica subesp.enterica (I), Edwarsiella tarda y Escherichia coli SH2 + Pruebas bioquímicas Salmonella entérica subesp. enterica(i) E.Tarda E.coli SH2+ Indol Citrato Simmosns Lisina decarboxilasa Arginina dehidrolasa + - -/+ Manita (fermentación) Dulcita (fermentación) + - +/- Ramnosa (fermentación) Xylosa (fermentación) ONPG % o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

231

232 AGAR SS

233 AGAR RAMBACH TSI de Salmonella LIA de Salmonella

234 S.Paratyphi A

235 S. Typhi

236 AGAR XLD

237 TRIBU IV: CITROBACTEREAE

238 Prueba bioquímica Citrobacter spp Movilidad + Citrobacter freundii Manitol (fermentación) + Lisina decarboxilasa - ONPG + Citrato de Simmons + Rojo de Metilo + Voges- Proskauer - Para diferenciar especies, recurrir a las siguientes pruebas: H2S Indol Malonato (fermentación) ODC Adonitol (fermentación) Melibiosa (fermentación) Sacarosa Dulcitol

239 En cepas de Citrobacter freundii pueden ocurrir reacciones atípicas como: ONPG: - ( diferenciar con Salmonella) O clasificadas como S. arizonae por compartir los siguientes caracteres: SH2 +/ ONPG +/ y un perfil de H de carbono muy parecidos También hay cepas SH2:- y Citrato: -

240 TRIBU V: KLEBSIELLEAE

241 GRUPO KES Klebsiella

242 Brock Biología de los Microorganismos 10ª edic.

243

244 Enterobacter aerogenes Pantoea agglomerans

245 Prueba bioquímica E. cloacae E. aerogenes Movilidad + + Lisina decarboxilasa - + Arginina dehidrolasa + -

246 Serratia marcescens D-xylosa(-) D-manosa (+)

247

248 (+) DNAsa (-)

249 Prueba bioquímica Serratia marcescens Serratia liquefaciens Arabinosa (fermentación) - + Xilosa (fermentación) - + Melibiosa (fermentación) - + Rafinosa (fermentación) - + Pigmento rojo d - Se han descripto cepas de S.marcescens excepcionalmente atípicas: lactosa +,o lactosa y rafinosa +, nitrato reductasa -, mucosas y V P -

250 Hafnia alvei ONPG:+, Movilidad:- (37ºC) y +(22ºC), Lisina decarboxilasa:+, ODC:+,ADH:-, Lactosa :- Hay cepas ONPG:- se pueden confundir con Salmonella: Citrato:-, SH2:- Cepas Urea+ (5%) se pueden confundir con Yersinia enteroclotica: diferenciar con LIA:+, Sorbitol:-, Sacarosa:-

251 TRIBU VI: PROTEEAE

252 Proteus

253 Diferenciación entre los géneros Proteus, Providencia y Morganella Test Bioquímicos Proteus a Providencia a Morganella a Citrato V + - Ferm de D- Manosa Liquefacción de gelatina 22ºC H2S en TSI + - V Ferm myo-inositol - V - Ornitina decarboxilasa V - (+) Swarmming Hidrólisis de urea + V + a reacciones dentro de las 48 hs +: % de positivo (+): 75 89,9% de positivo (-) 10,1 a 25 5 de positivo -: 0 10% de positivo O Hara y col Clin Microb Rev

254 Proteus

255 TRIBU VII: YERSINIEAE Género: Yersinia Prueba bioquímica Y.enterocolitica TSI Urea (hidrólisis a 35ºC,1-4 días) Lactosa (fermentación) Fenil alanita deaminasa Rammonsa (fermentación a 25ºC) VP (22º-25ºC) K/A sin gas SH

256

257 Medios cromogénicos- BD CHROMagar Orientation Medium Grupo KES Grupo PMP/ Pae E.coli

258 CPSID3

259

260

261 E.coli

262

263 VITEK

264 María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga

265 El desafío de identificar correctamente Enterobacterias María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga

266 CARACTERÍSTICAS COCOBACILOS : 0,4-0,6 µm x 2-3 µm GRAM NEGATIVOS NO ESPORULADOS, ANAEROBIOS FACULTATIVOS, MÓVILES O INMÓVILES FERMENTAN GLUCOSA, CATALASA POSITIVOS, OXIDASA NEGATIVOS

267 TAXONOMÍA SECCIÓN 5, 2 da EDICIÓN BERGEY 41 GÉNEROS Y CIENTOS DE ESPECIES CLASIFICACIÓN POR CRITERIOS BIOQUÍMICOS Y ANTIGÉNICOS ACTUALMENTE CRITERIOS GENÉTICOS: HIBRIDACIÓN ADN, SECUENCIACIÓN ADN Y ARNr 16S

268 Familia Enterobacteriaceae 8 Tribus con los correspondientes géneros en cada una de ellas Tribu I: ESCHERICHIEAE: Género I: Escherichia / Género II: Shigella Tribu II: EDWARSIELLEAE : Género I: Edwarsiella Tribu III: SALMONELLEAE: Género I : Salmonella Tribu IV: CITROBACTEREAE : Género I : Citrobacter Tribu V: KLEBSIELLEAE: Género I: Klebsiella / Género II: Enterobacter Género III: Hafnia/ Género IV: Serratia Tribu VI: PROTEEAE: Género I: Proteus / Género II: Morganella Género III: Providencia Tribu VII: YERSINIEAE : Género I : Yersinia Tribu VIII: ERWINIEAE : Género I: Erwinia

269 PODER PATÓGENO ALREDEDOR DE 28 ESPECIES TIENEN IMPORTANCIA CLÍNICA CAUSANTES DE DIVERSOS CUADROS CLÍNICOS PATÓGENAS VERDADERAS O PRIMARIAS PATÓGENAS OPORTUNISTAS O POTENCIALES

270

271 Enterobacterias frecuentes con significación clínica Citrobacter freundii, Citrobacter koserí Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae Escheríchia coli Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca Morganella morganii Proteus mirabilis, Complejo Proteus vulgarís Salmonella entérica Serratia marcescens Shigella sonnei, Shigella flexneri Yersinia pestis, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis

272 TIPIFICACIÓN BIOTIPIFICACIÓN: CARACTERES BIOQUÍMICOS SEROTIPIFICACIÓN: ANTÍGENOS O (SOMÁTICOS), K ó Vi (CAPSULARES) y H (FLAGELARES) SEROGRUPOS Y SEROTIPOS

273 TIPIFICACIÓN FAGOTIPIFICACIÓN: DE VALOR EN Salmonella y E. coli PATRÓN DE RESISTENCIA A LOS ANTIMICROBIANOS GENOTIPIFICACIÓN MOLECULAR: GRUPOS CLONALES, etc.

274 Antígenos de Enterobacteriaceae K Ag

275 AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN MEDIOS COMUNES MEDIOS SELECTIVOS/DIFERENCIALES INHIBEN CRECIMIENTO DE GRAM POSITIVAS Y OTRAS GRAM NEGATIVAS NO ENTÉRICAS CITRATO SÓDICO, EOSINA, SALES BILIARES, CRISTAL VIOLETA, etc.

276 AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN MUESTRAS EXTRAINTESTINALES (sangre, orina, material de abscesos y heridas,tracto respiratorio) Medios enriquecidos/ Cromogénicos Agar Mac Conkey, EMB. MUESTRAS INTESTINALES: Selectivos- diferenciales Enriquecimiento previo

277 Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias? Oxidasa

278 Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias? 1- Shigella 2- Grupo KES 3- E.coli

279 TSI

280 TRIBU I : ESCHERICHIEAE

281 Mac Conkey Sorbitol Mac Conkey

282 Cómo diferenciamos Shigella de E.coli? Pruebas E.coli Shigella Indol + (96,3) - ó + (37,8) Lisina decarboxilasa D (80,6) - (0) Ornitina decarbox. D (57,8) - ó + (20) Lactosa + (91,6) - (0,3) Acetato de sodio + (83,3) - (0) Gas de glucosa + (92) - (2,1) Motilidad + ó (62,1) - (0)

283 RM VP

284

285 Diferenciación de Shigella

286 E.coli Shigella

287 TSI LIA Acetato

288 MIO ONPG

289 Clasificación Serológica Especie Serogrupo Serotipo S. dysenteriae A 1-12 S. flexneri B 1-6 S. boydii C 1-18 S. sonnei D 1

290

291 TRIBU II: EDWARDSIELLEAE Prueba bioquímica E.tarda Lactosa (fermentación) - SH 2 + Indol + Trehalosa (fermentación) - Manitol, sacarosa (ferm) - Arabinosa (fermentación) -/+ Malonato (utilización) - Movilidad a 37ºC + Habitad Hombre y animales

292 TRIBU III:SALMONELLEAE GÉNERO I: Salmonella Salmonella entérica Salmonella bongori

293 Salmonella enterica subesp. enterica (I) Prueba bioquímica Sal.subesp.(I) Lactosa (fermentación)*** - ONPG - SH2 + Glucosa (fermentación)*** +/ con gas Rojo de Metilo* + Voges Proskauer* - Lisina decarboxilasa** + Ornitina decarboxilasa** + Arginina dehidrolasa** + Urea (hidrólisis)** - Malonato (utilización)* - Citrato Simmons** + *Lectura a los 2días **Lectura hasta los 4 días ***Lectura hasta los 7 días Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

294 Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Proteus mirabilis Prueba bioquímica Salmonella entérica subesp.enterica(i) Proteus mirabilis SH2 + + Urea (hidrólisis) - + Fenilalaninadeaminasa - + Lisina decarboxilasa + - Ornitina decarboxilasa + + Lactosa (fermentación) - - Dulcita (fermentación) + - ONPG % o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

295 Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Citrobacter freundii Prueba bioquímica Salm entérica subesp.enterica(i) Citrobacter freundii SH2 + + Urea (hidrólisis) - d Lisina decarboxilasa + - Ornitina decarboxilasa + d Lactosa (fermentación) - d Sacarosa (fermentación) - d Dulcita (fermentación) + d Malonato (utilización) - d ONPG % o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

296 Diferencias entre Salmonella enterica subesp.enterica (I), Edwarsiella tarda y Escherichia coli SH2 + Pruebas bioquímicas Salmonella entérica subesp. enterica(i) E.tarda E.coli SH2+ Indol Citrato Simmosns Lisina decarboxilasa Arginina dehidrolasa + - -/+ Manita (fermentación) Dulcita (fermentación) + - +/- Ramnosa (fermentación) Xylosa (fermentación) ONPG % o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

297

298 AGAR SS

299 AGAR RAMBACH TSI de Salmonella LIA de Salmonella

300 ODC + LIA - S.Paratyphi A

301 ODC - LIA + S. Typhi

302 AGAR XLD

303 TRIBU IV: CITROBACTEREAE

304 Prueba bioquímica Citrobacter spp Movilidad + Citrobacter freundii Manitol (fermentación) + Lisina decarboxilasa - ONPG + Citrato de Simmons + Rojo de Metilo + Voges- Proskauer - Para diferenciar especies, recurrir a las siguientes pruebas: H2S Indol Malonato (fermentación) ODC Adonitol (fermentación) Melibiosa (fermentación) Sacarosa Dulcitol

305 En cepas de Citrobacter freundii pueden ocurrir reacciones atípicas como: ONPG: - ( diferenciar con Salmonella) O clasificadas como S. arizonae por compartir los siguientes caracteres: SH2 +/ ONPG +/ y un perfil de H de carbono muy parecidos También hay cepas SH2:- y Citrato: -

306 TRIBU V: KLEBSIELLEAE Géneros: KES y Hafnia

307 GRUPO KES Klebsiella

308 Brock Biología de los Microorganismos 10ª edic.

309

310 Enterobacter aerogenes Pantoea agglomerans

311 Prueba bioquímica E. cloacae E. aerogenes Movilidad + + Lisina decarboxilasa - + Arginina dehidrolasa + -

312 Serratia marcescens D-xylosa(-) D-manosa (+)

313

314 (+) DNAsa (-)

315 Prueba bioquímica Serratia marcescens Serratia liquefaciens Arabinosa (fermentación) - + Xilosa (fermentación) - + Melibiosa (fermentación) - + Rafinosa (fermentación) - + Pigmento rojo d - Se han descripto cepas de S.marcescens excepcionalmente atípicas: lactosa +,o lactosa y rafinosa +, nitrato reductasa -, mucosas y V P -

316 Hafnia alvei ONPG:+, Movilidad:- (37ºC) y +(22ºC), Lisina decarboxilasa:+, ODC:+,ADH:-, Lactosa :- Hay cepas ONPG:- se pueden confundir con Salmonella: Citrato:-, SH2:- Cepas Urea+ (5%) se pueden confundir con Yersinia enteroclotica: diferenciar con LIA:+, Sorbitol:-, Sacarosa:-

317 TRIBU VI: PROTEEAE Géneros: Proteus, Morganella y Providencia

318 Proteus

319 Diferenciación entre los géneros Proteus, Providencia y Morganella Test Bioquímicos Proteus a Providencia a Morganella a Citrato V + - Ferm de D- Manosa Liquefacción de gelatina 22ºC H2S en TSI + - V Ferm myo-inositol - V - Ornitina decarboxilasa V - (+) Swarmming Hidrólisis de urea + V + a reacciones dentro de las 48 hs +: % de positivo (+): 75 89,9% de positivo (-) 10,1 a 25 5 de positivo -: 0 10% de positivo O Hara y col Clin Microb Rev

320 Proteus

321 TRIBU VII: YERSINIEAE Género: Yersinia Prueba bioquímica Y.enterocolitica TSI K/A sin gas SH2 - Urea (hidrólisis a 35ºC,1-4 días) + Lactosa (fermentación) - Fenil alanita deaminasa - Rammonsa (fermentación a 25ºC) - VP (22º-25ºC) +

322

323 Medios cromogénicos- BD CHROMagar Orientation Medium Grupo KES Grupo PMP/ Pae E.coli

324 CPSID3

325

326

327 E.coli

328

329 VITEK

330 María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga

331 Para consultas y derivaciones Laboratorio Central de la Provincia de Córdoba Tránsito Cáceres de Allende Córdoba Te: Biología Molecular María Emilia Suárez mevsuarez@yahoo.com.ar Cel:

332 El desafío de identificar correctamente Enterobacterias María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga

333 CARACTERÍSTICAS COCOBACILOS : 0,4-0,6 µm x 2-3 µm GRAM NEGATIVOS NO ESPORULADOS, ANAEROBIOS FACULTATIVOS, MÓVILES O INMÓVILES FERMENTAN GLUCOSA, CATALASA POSITIVOS, OXIDASA NEGATIVOS

334 TAXONOMÍA SECCIÓN 5, 2 da EDICIÓN BERGEY 41 GÉNEROS Y CIENTOS DE ESPECIES CLASIFICACIÓN POR CRITERIOS BIOQUÍMICOS Y ANTIGÉNICOS ACTUALMENTE CRITERIOS GENÉTICOS: HIBRIDACIÓN ADN, SECUENCIACIÓN ADN Y ARNr 16S

335 Familia Enterobacteriaceae 8 Tribus con los correspondientes géneros en cada una de ellas Tribu I: ESCHERICHIEAE: Género I: Escherichia / Género II: Shigella Tribu II: EDWARSIELLEAE : Género I: Edwarsiella Tribu III: SALMONELLEAE: Género I : Salmonella Tribu IV: CITROBACTEREAE : Género I : Citrobacter Tribu V: KLEBSIELLEAE: Género I: Klebsiella / Género II: Enterobacter Género III: Hafnia/ Género IV: Serratia Tribu VI: PROTEEAE: Género I: Proteus / Género II: Morganella Género III: Providencia Tribu VII: YERSINIEAE : Género I : Yersinia Tribu VIII: ERWINIEAE : Género I: Erwinia

336 PODER PATÓGENO ALREDEDOR DE 28 ESPECIES TIENEN IMPORTANCIA CLÍNICA CAUSANTES DE DIVERSOS CUADROS CLÍNICOS PATÓGENAS VERDADERAS O PRIMARIAS PATÓGENAS OPORTUNISTAS O POTENCIALES

337

338 Enterobacterias frecuentes con significación clínica Citrobacter freundii, Citrobacter koserí Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae Escheríchia coli Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca Morganella morganii Proteus mirabilis, Complejo Proteus vulgarís Salmonella entérica Serratia marcescens Shigella sonnei, Shigella flexneri Yersinia pestis, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis

339 TIPIFICACIÓN BIOTIPIFICACIÓN: CARACTERES BIOQUÍMICOS SEROTIPIFICACIÓN: ANTÍGENOS O (SOMÁTICOS), K ó Vi (CAPSULARES) y H (FLAGELARES) SEROGRUPOS Y SEROTIPOS

340 TIPIFICACIÓN FAGOTIPIFICACIÓN: DE VALOR EN Salmonella y E. coli PATRÓN DE RESISTENCIA A LOS ANTIMICROBIANOS GENOTIPIFICACIÓN MOLECULAR: GRUPOS CLONALES, etc.

341 Antígenos de Enterobacteriaceae K Ag

342 AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN MEDIOS COMUNES MEDIOS SELECTIVOS/DIFERENCIALES INHIBEN CRECIMIENTO DE GRAM POSITIVAS Y OTRAS GRAM NEGATIVAS NO ENTÉRICAS CITRATO SÓDICO, EOSINA, SALES BILIARES, CRISTAL VIOLETA, etc.

343 AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN MUESTRAS EXTRAINTESTINALES (sangre, orina, material de abscesos y heridas,tracto respiratorio) Medios enriquecidos/ Cromogénicos Agar Mac Conkey, EMB. MUESTRAS INTESTINALES: Selectivos- diferenciales Enriquecimiento previo

344 Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias? Oxidasa

345 Qué medios usamos y que aspecto presentan las colonias? 1- Shigella 2- Grupo KES 3- E.coli

346 TSI

347 TRIBU I : ESCHERICHIEAE

348 Mac Conkey Sorbitol Mac Conkey

349 Cómo diferenciamos Shigella de E.coli? Pruebas E.coli Shigella Indol + (96,3) - ó + (37,8) Lisina decarboxilasa D (80,6) - (0) Ornitina decarbox. D (57,8) - ó + (20) Lactosa + (91,6) - (0,3) Acetato de sodio + (83,3) - (0) Gas de glucosa + (92) - (2,1) Motilidad + ó (62,1) - (0)

350 RM VP

351

352 Diferenciación de Shigella

353 E.coli Shigella

354 TSI LIA Acetato

355 MIO ONPG

356 Clasificación Serológica Especie Serogrupo Serotipo S. dysenteriae A 1-12 S. flexneri B 1-6 S. boydii C 1-18 S. sonnei D 1

357

358 TRIBU II: EDWARDSIELLEAE Prueba bioquímica E.tarda Lactosa (fermentación) - SH 2 + Indol + Trehalosa (fermentación) - Manitol, sacarosa (ferm) - Arabinosa (fermentación) -/+ Malonato (utilización) - Movilidad a 37ºC + Habitad Hombre y animales

359 TRIBU III:SALMONELLEAE GÉNERO I: Salmonella Salmonella entérica Salmonella bongori

360 Salmonella enterica subesp. enterica (I) Prueba bioquímica Sal.subesp.(I) Lactosa (fermentación)*** - ONPG - SH2 + Glucosa (fermentación)*** +/ con gas Rojo de Metilo* + Voges Proskauer* - Lisina decarboxilasa** + Ornitina decarboxilasa** + Arginina dehidrolasa** + Urea (hidrólisis)** - Malonato (utilización)* - Citrato Simmons** + *Lectura a los 2días **Lectura hasta los 4 días ***Lectura hasta los 7 días Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

361 Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Proteus mirabilis Prueba bioquímica Salmonella entérica subesp.enterica(i) Proteus mirabilis SH2 + + Urea (hidrólisis) - + Fenilalaninadeaminasa - + Lisina decarboxilasa + - Ornitina decarboxilasa + + Lactosa (fermentación) - - Dulcita (fermentación) + - ONPG % o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

362 Diferencias entre Salmonella subesp.enterica (I) y Citrobacter freundii Prueba bioquímica Salm entérica subesp.enterica(i) Citrobacter freundii SH2 + + Urea (hidrólisis) - d Lisina decarboxilasa + - Ornitina decarboxilasa + d Lactosa (fermentación) - d Sacarosa (fermentación) - d Dulcita (fermentación) + d Malonato (utilización) - d ONPG % o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

363 Diferencias entre Salmonella enterica subesp.enterica (I), Edwarsiella tarda y Escherichia coli SH2 + Pruebas bioquímicas Salmonella entérica subesp. enterica(i) E.tarda E.coli SH2+ Indol Citrato Simmosns Lisina decarboxilasa Arginina dehidrolasa + - -/+ Manita (fermentación) Dulcita (fermentación) + - +/- Ramnosa (fermentación) Xylosa (fermentación) ONPG % o más de los resultados positivos, - 90% o más de los resultados negativos, d: diferentes reacciones Servicio Enterobacterias. ANLIS.INEI. Carlos G.Malbrán 2008

364

365 AGAR SS

366 AGAR RAMBACH TSI de Salmonella LIA de Salmonella

367 ODC + LIA - S.Paratyphi A

368 ODC - LIA + S. Typhi

369 AGAR XLD

370 TRIBU IV: CITROBACTEREAE

371 Prueba bioquímica Citrobacter spp Movilidad + Citrobacter freundii Manitol (fermentación) + Lisina decarboxilasa - ONPG + Citrato de Simmons + Rojo de Metilo + Voges- Proskauer - Para diferenciar especies, recurrir a las siguientes pruebas: H2S Indol Malonato (fermentación) ODC Adonitol (fermentación) Melibiosa (fermentación) Sacarosa Dulcitol

372 En cepas de Citrobacter freundii pueden ocurrir reacciones atípicas como: ONPG: - ( diferenciar con Salmonella) O clasificadas como S. arizonae por compartir los siguientes caracteres: SH2 +/ ONPG +/ y un perfil de H de carbono muy parecidos También hay cepas SH2:- y Citrato: -

373 TRIBU V: KLEBSIELLEAE Géneros: KES y Hafnia

374 GRUPO KES Klebsiella

375 Brock Biología de los Microorganismos 10ª edic.

376

377 Enterobacter aerogenes Pantoea agglomerans

378 Prueba bioquímica E. cloacae E. aerogenes Movilidad + + Lisina decarboxilasa - + Arginina dehidrolasa + -

379 Serratia marcescens D-xylosa(-) D-manosa (+)

380

381 (+) DNAsa (-)

382 Prueba bioquímica Serratia marcescens Serratia liquefaciens Arabinosa (fermentación) - + Xilosa (fermentación) - + Melibiosa (fermentación) - + Rafinosa (fermentación) - + Pigmento rojo d - Se han descripto cepas de S.marcescens excepcionalmente atípicas: lactosa +,o lactosa y rafinosa +, nitrato reductasa -, mucosas y V P -

383 Hafnia alvei ONPG:+, Movilidad:- (37ºC) y +(22ºC), Lisina decarboxilasa:+, ODC:+,ADH:-, Lactosa :- Hay cepas ONPG:- se pueden confundir con Salmonella: Citrato:-, SH2:- Cepas Urea+ (5%) se pueden confundir con Yersinia enteroclotica: diferenciar con LIA:+, Sorbitol:-, Sacarosa:-

384 TRIBU VI: PROTEEAE Géneros: Proteus, Morganella y Providencia

385 Proteus

386 Diferenciación entre los géneros Proteus, Providencia y Morganella Test Bioquímicos Proteus a Providencia a Morganella a Citrato V + - Ferm de D- Manosa Liquefacción de gelatina 22ºC H2S en TSI + - V Ferm myo-inositol - V - Ornitina decarboxilasa V - (+) Swarmming Hidrólisis de urea + V + a reacciones dentro de las 48 hs +: % de positivo (+): 75 89,9% de positivo (-) 10,1 a 25 5 de positivo -: 0 10% de positivo O Hara y col Clin Microb Rev

387 Proteus

388 TRIBU VII: YERSINIEAE Género: Yersinia Prueba bioquímica Y.enterocolitica TSI K/A sin gas SH2 - Urea (hidrólisis a 35ºC,1-4 días) + Lactosa (fermentación) - Fenil alanita deaminasa - Rammonsa (fermentación a 25ºC) - VP (22º-25ºC) +

389

390 Medios cromogénicos- BD CHROMagar Orientation Medium Grupo KES Grupo PMP/ Pae E.coli

391 CPSID3

392

393

394 E.coli

395

396 VITEK

397 María Emilia Suárez Bioq.Bacterióloga

398 Para consultas y derivaciones Laboratorio Central de la Provincia de Córdoba Tránsito Cáceres de Allende Córdoba Te: Biología Molecular María Emilia Suárez mevsuarez@yahoo.com.ar Cel: