Dra. Florencia Giliberto

Transcripción

1 Lbortorio de Distrofinoptís Cátedr de Genétic Fcultd de frmci y Bioquímic. UBA INIGEM CONICET-UBA

2 SANGER Dr. Florenci Giliberto 1975 mejors revolucionris! Er de ls Omics Bioinformátic Robótic Nnobiologí Lectur msiv en prlelo 2005 NGS 2017 SALUD Dignóstico High thoughput DNA seq

3 Exom/Pnel Dr. Florenci Giliberto

4 No pr Dignóstico! 6 billion bp of DNA reds 50x cobertur 90% exones genes reds 500x cobertur 99% 2000 exones 50 genes single gen sequencing

5 Promedio de vrintes encontrds Pneles: 2-3 vrintes por gen. (DMD 10 30) Exom: vrintes Genom: vrintes Dr. Florenci Giliberto

6 VARIANTE DEFINICIÓN EJEMPLO IMPACTO INFORME Ptogénic Mutción cusnte de ptologí Frme-shifting vrint / stop codon Dignóstico Si Polimorfismo benigno Vrición de sec. sin efecto dverso conocido Vrinte presente en dbsnp con lt frecuenci Podrí ser un modificdor genético en estudios futuros. No/Si VOUS/VUS Vrinte de significdo incierto o desconocido Vrinte Missense en un zon conservd evolutivmente Podrí cmbir ser ptogénic con estudios dicionles Si Incidentl findings Genetic modifier Vrinte que h sido socid con riesgo pr desrrollr otr enfermedd, pero no es relevnte pr el dignóstico específico del pciente. Vrinte que modific el estdo de un enfermedd, ubicd en un 2do gen. Mutción en otro gen Ej: CFTR Vrinte en un 2do gen que hipotéticmente ument o disminuye l expresión de mi gen. No es dignóstico. Evlur si está indicdo en ACMG con un ccionr clínico definido. (Americn College of Medicl Genetics nd Genomics) Modificdores genéticos de enfermeddes monogénics ún son pocos. by guest on July 8, 2017 (Jy Puneth, MS; Eric P. Hoffmn, PhD) Dr. Florenci Giliberto Si, si hy ccionr clínico/no No/Si

7

8 Es conveniente secuencir por NGS? Cundo SI NO Depende

9 En que csos es conveniente secuencir? El profesionl tiene clr sospech de cul es l ptologí. L enfermedd está bien crcterizd nivel moleculr. L enfermedd es monogénic! Y se conoce el gen. Conozco el modo de herenci. (AD, AR, ligx, lig Y)

10 Que tipo de mutciones están reportds en el gen? Puntules deleciones Duplicciones (CNV) Existen bses de dtos pr mi ptologí? G E N D MD

11 Exom Aprox 1-2% codificnte ( exones ~ pb) Cubre el 85% de ls vrintes implicds en ptologís

12 Análisis de Secuencición de Exom Completo (WES) Qué hgo con todo eso? Cómo puedo sber lo que es norml y lo que es vrinte de secuenci? Dónde voy buscr l vrinte de secuenci que pued ser l cusnte de l ptologí? DMD

13 Cso 1 Secuencición de Exom Completo DMD MLPA norml 18 Vrintes de secuenci en el gen DMD Vrintes intrónics Impct: High! NM_ :c.7096C >A, p.gln2366lys Ml nomencld!!!

14 Vrinte corrobord por SANGER! Dr. Florenci Giliberto Pciente cndidto pr trtmiento de terpi Génic con Atluren TGG>TAG UGG>UAG No fue reportd en 1000 genoms, Hpmp ni ExAc

15 Cso 2 Secuencición de Exom Completo Dr. Florenci Giliberto MLPA norml DMD MLPA norml c.2407c>t p.gln803*

16

17 SEGREGACIÓN TRÍO VUS/VOUS MISSENSE WES Dr. Florenci Giliberto

18 Como puedo corroborr si un vrinte tiene efecto ptogénico? SEGREGACIÓN WES: Vrinte: c.10101_10103delaga Prog bioinf: ptogénic AGA/del AGA/del AGA/del c.10101_10103 del AGA AGA AGA Dr. Florenci Giliberto del

19 Autosómic Recesiv TRIO S Autosómic Dominnte VUS1 VUS2 Wt/Wt Wt/Wt Wt/VUS VUS1 VUS2 VUS1 VUS2 de novo! Wt/VUS Con ls VUS missense es más difícil sesorr l fmili.

20 VUS (vrinte de significdo incierto) Genes de significdo incierto Vrintes que se encuentrn en genes que un no hn sido socidos con ese fenotipo. Sin embrgo, tienen vrintes ltmente ptogénics (ej, stop codon). Csos que quedn sin resolver? En un Enfernedd Autosómic Recesiv se encuentr un únic mutción Sin resultdos concluyentes No se encuentr ningun vrinte cndidt.

21 Quien interpret estos informes!!!!!???? Sbrá que hcer con es informción!!!!???? Hoy por hoy tenemos muchs más pregunts o interrogntes que respuests. En especil con l interpretción de un estudio de NGS

22 E X P E R T O c i e n c i B s s I n f o r m á i c G n é t i c z o n m i e n t o E p e r í e n c i P t l o g í s B o D ductivo d t o s f o Dr. Florenci Giliberto

23 Florenci Giliberto, PhD Leonel Luce,MS PhD student Chir Mzznti Estudinte de Bioquímic Lbortorio de Distrofinoptís Cátedr de Genétic Fcultd de Frmci y Bioquímic Universidd de Buenos Aires Instituto de Inmunologí, Genétic y Metbolismo (INIGEM) CONICET-UBA Micel Crcione Estudinte de Bioquímic