Guía de pruebas moleculares

Transcripción

1 Guía de pruebas moleculares Dr. Sergio Urbina Rubio, Biol. Luis González Villanueva Dirección: Blvd. Lázaro Cárdenas Ote. # Piso. Colonia Santa Julia. Irapuato Guanajuato CP: Teléfono: laboratorioslapido@hotmail.com

2 PATOLOGÍA MOLECULAR Las mutaciones son alteraciones permanentes del ADN, generalmente son causantes de enfermedades y pueden ser de dos tipos: de la línea germinal (presentes en todas las células del cuerpo) o somáticas (presentes solo en las células tumorales). Las mutaciones somáticas dan ventaja a las células dañadas para reproducirse sin control produciendo tumores (EGFR, KRAS, BRAF, CKIT), pero no se transmiten de padres a hijos, conocer que tipo de mutación originó el tumor, le permite al médico diseñar el plan de tratamiento específico para el paciente sin necesidad de ensayar la respuesta de este a los diferentes medicamentos y teniendo la mejor respuesta con los menores efectos secundarios. Las mutaciones de la línea germinal, son heredadas por los padres y predisponen a los hijos a padecer alguna enfermedad, por ejemplo la detección de mutaciones en los genes BRCA1 y 2 en pacientes con antecedentes familiares de cáncer de mama u ovario le dan herramientas al médico para tomar medidas profilácticas y evitar que el paciente desarrolle la enfermedad o que esta sea detectada a tiempo. Este manual tiene la finalidad de presentarle las pruebas que le ayudarán a dar un tratamiento personalizado, reduciendo costos y tiempo de respuesta hacia la mejoría de sus pacientes.

3 ALK-EML4 La fusión de los Genes ALK (Anaplastic lymphoma kinase) y EML4 ( Echinoderm microtubule-associated protein-like 4) es una condición encontrada en el 4-7% de los casos de cáncer de Pulmón de Células no P e q u e ñ a s ( N S C L C ), L a f u s i ó n a c t i v a permanentemente a ALK, lo cual provoca la evasión de la apoptosis y promueve la proliferación celular mediante la vía PIK3CA La fusión de los genes ALK- EML4 es frecuente en: Cáncer de Pulmón Fusionados los genes ALK-EML4 Responde positivamente a Crizotinib Tejido fresco preservado en RNA Latter resultados: 1 Semana Técnica: PCR con reverso transcriptasa

4 BRAF (V600E) BRAF es una proteina cinasa que tiene un papel central en la cascada de señalización de las MAP cinasas. BRAF se encuentra involucrada en muchos procesos celulares como son: proliferación celular, diferenciación y regulación transcripcional. Mutantes de BRAF son particularmente frecuentes en : Melanoma Cáncer de pulmón de células no pequeñas Cáncer de colon Cáncer papilar tiroideo Cáncer de ovario BRAF mutado Se han asociado la presencia de mutaciones en BRAF con una baja sensibilidad a los Inhibidores de la tirosincinasa de EGFR -Bloques de parafina con tumor -Tejido fresco (tumor) resultados: 2 semanas Técnica: PCR y secuenciación

5 BRCA 1 y 2 Las proteínas BRCA tienen funciones múltiples. Un papel importante es en la reparación del daño al ADN. Cuando los genes BRCA no son funcionales, la reparación del ADN y la regulación de los genes se encuentran comprometidos. La falla en este proceso lleva a la acumulación de mutaciones en genes claves, llevando a la formación de una célula defectuosa ( cancerígena) Distintas investigaciones han demostrado que la pérdida de los productos de los genes BRCA son asociados con el desarrollo de cánceres hereditarios y esporádicos. BRCA mutado: Estudios indican que las personas con mutaciones en BRCA1 ó 2, tienen hasta un 80% de probabilidad de desarrollar cáncer de mama y 20% de cáncer de ovario lo largo de su vida Técnica: PCR, RT-PCR y secuenciación -Bloques de parafina de cualquier tejido sano ( Para mutaciones más frecuentes) -Tejido fresco, sangre, etc. (En análisis de BRCA total) resultados: 2 semanas

6 CKIT (CD117) CKIT también llamado CD117, es un receptor tirosincinasa (RTK). El ligando para CKIT es el factor de células troncales (SCF, stem cell factor). La mayoría de las mutaciones en CKIT se encuentran en los exones 11 (70%) y 9 (10-15%) Mutantes de CKIT son p a r t i c u l a r m e n t e frecuentes en : Melanoma Leucemia aguda Tumores del estroma g a s t r o i n t e s t i n a l (GIST) CKIT mutado en GIST Exón 9 mutado : Confiere sensibilidad a sunitinib o doble dosis de imatinib. Exón 11 mutado: confiere sensibilidad a imatinib o doble dosis de sunitinib -Bloques de parafina con tumor -Tejido fresco (tumor) resultados: 2 y 3semanas Técnica: PCR y secuenciación

7 Cromosoma Filadelfia Esta anormalidad afecta a los cromosomas 9 y 22. El 95 % de los enfermos de leucemia mieloide crónica presenta esta anormalidad, también se encuentran casos de cromosoma Filadelfia en enfermos de leucemia linfoblástica aguda (25 al 30 por ciento en adultos y 2 al 10 por ciento en niños), y ocasionalmente, en casos de leucemia mielocítica aguda (LMA). El Cromosoma Filadelfia es particularmente frecuentes en : Leucemia Mieloide Crónica Leucemia Linfoblastica Aguda Leucemia Mielocitica Aguda Cromosoma Filadelfia Responde positivamente a tratamientos con Imatinib (Gleevec) Nolitinib (Tasigna) Detección y tipificación ul de sangre fresca Detección mínima residual y tipificación - 4 ml de sangre fresca Técnica: PCR con reverso transcriptasa

8 Detección y Genotipificación de VPH Los virus del papiloma humano (VPH) son un grupo de más de 150 tipos de virus relacionados, de los cuales más de 40 tipos pueden transmitirse sexualmente. Algunos de los VPH que se transmiten sexualmente pueden causar verrugas genitales, mientras que otros, llamados VPH de alto riesgo u oncogénicos, pueden causar cáncer. Las infecciones genitales por VPH son muy comunes, algunas veces, las infecciones por VPH pueden durar muchos años. Infecciones persistentes por VPH de alto riesgo son la causa principal de cáncer cervical. Las infecciones por VPH causan también algunos cánceres de ano, de vulva, de vagina, de pene y de orofaringe. La detección de VPH por medio de la técnica de PCR permite conocer la presencia del virus con una sensibilidad de 99.5% y especificidad del 97.5 %. Conocer el genotipo de VPH permite saber el riesgo de los pacientes de desarrollar cáncer. el estudio: - Cepillo cervical - Células para citología en base líquida - Tejido en parafina - Tejido fresco Técnica: PCR y PCR -multiplex

9 EGFR (Exones 18, 19, 21) El receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR) pertenece a una familia de receptores tirosincinasa (RTKs), un EGFR constitutivamente activo, lleva a estas células a la pérdida del control en su proliferación, cerca de un 10% de los casos de cáncer de pulmón de células no pequeñas tienen este tipo de mutaciones y responden positivamente a terapias con inhibidores de EGFR Mutantes de EGFR son p a r t i c u l a r m e n t e frecuentes en : Cancer de pulmón EGFR mutado Si el paciente tiene EGFR mutado en alguno de los exones 18,19 o 21, se beneficia de los tratamientos con inhibidores de tirosincinasa. -Bloques de parafina con tumor -Tejido fresco (tumor) resultados: 2 semanas Técnica: PCR y secuenciación

10 KRAS Se ha demostrado el papel de KRAS en la generación de diferentes tipos de cáncer. Las mutaciones activadoras en el gen KRAS, resulta en la producción de una proteína constitutivamente activa, aún en ausencia del factor de crecimiento epidérmico Mutantes de KRAS son particularmente frecuentes en : Cáncer de colon Cáncer de pulmón Cáncer de páncreas KRAS mutado Se ha viso que cuando el gen KRAS se encuentra mutado en un paciente con cáncer, dicho paciente no tiene una b u e n a r e s p u e s t a a l o s medicamentos inhibidores de tirosin-cinasa -Bloques de parafina con tumor -Tejido fresco (tumor) resultados: 2 semanas Técnica: PCR y secuenciación

11 PDGFRA Este gen codifica para un receptor de membrana. Mutaciones en este gen, crean un estado permanentemente activado del receptor que activa principalmente la vía de supervivencia celular (PIK3- mtor) y la de proliferación celular (RAS-RAF-MEK- ERK) Mutantes de PDGFRA son particularmente frecuentes en : Tumores del estroma g a s t r o i n t e s t i n a l (GIST) PDGFRA mutado en GIST Todas las mutaciones en PDGFRA son sensibles a Imatinib, excepto la mutación D842V en el exón 18 -Bloques de parafina con tumor -Tejido fresco (tumor) resultados: 2 semanas Técnica: PCR y secuenciación

12 PIK3CA La proteína PIK3CA es parte de una familia de cinasas de lípidos y se encuentra involucrada en crecimiento celular, proliferación, diferenciación, motilidad y supervivencia. Las mutantes de PIK3CA han sido implicadas en la generación de diversos tipos de cáncer Mutantes de PIK3CA son particularmente frecuentes en : Ca. de hígado (36%) Ca. de mama (35%) Ca. de colon (25%) Ca. de ovario (9%) Ca. gástrico (7%) Ca. de cerebro (6%) PIK3CA mutado Exón 9 ó 20: Responden a inhibidores de PI3K, AKT y mtor En cáncer de mama, estas mutaciones se relacionan con un pronóstico favorable -Bloques de parafina con tumor -Tejido fresco (tumor) resultados: 2 semanas Técnica: PCR y secuenciación

13 Síndrome de Lynch El síndrome de Lynch o cáncer colorrectal hereditario no asociado a poliposis, en inglés (HNPCC), es una condición hereditaria que incrementa la probabilidad de presentar cáncer de colon y cáncer de recto y en menor medida cáncer de endometrio, los cánceres de ovario, estómago, intestino delgado, tracto hepatobiliar, páncreas, tracto urinario superior, cerebro próstata y piel. La edad media a la que se presenta el cáncer de colon es de 64 años en la población general y 44 años en afectados por el síndrome. Dicha predisposición al cáncer colorectal se debe a mutaciones en los genes MSH2, MLH1, MSH6, hpms2. Mutantes de PIK3CA son particularmente frecuentes en : Ca. de Colón Ca. de Recto Ca. de Endometrio Ca. de Ovario Ca. de Estómago Ca. de Próstata Etc. MSH2, MLH1 o MSH6 mutado Aumentan considerablemente las probabilidades de desarrollar cáncer de Colon y Recto Los pacientes con estas mutaciones pasarán la predisposición de desarrollar cáncer al 50% de sus hijos -Al menos 4 ml de sangre con anticoagulante resultados: 3 semanas Técnica:RT- PCR y secuenciación

14 BIOLOGIA MOLECULAR MÉDICA La reacción en cadena de la Polimerasa (PCR), una tecnología ganadora del premio Nobel, ha sido reconocida mundialmente como uno de los progresos científicos más importantes de nuestra generación. La PCR permite que cantidades muy pequeñas de material genético sean amplificadas en millones de copias en apenas algunas horas, facilitando la detección del ADN o ARN de organismos patógenos incluso antes de que los anticuerpos se formen. Entre las aplicaciones médicas de la PCR cabe destacar su aporte al desarrollo de nuevas estrategias de diagnóstico. Permite detectar agentes infecciosos como los virus de las hepatitis B y C o regiones del genoma del virus de la inmunodeficiencia humana (HIV). Es parte esencial de la llamada "Medicina Personalizada", haciendo posible reconocer mutaciones de genes vinculadas con enfermedades oncológicas incluso antes de que estas se desarrollen, este es el caso del gen BRCA 1 y 2 capaz de predecir la aparición de cáncer de mama hereditario. En Laboratorios LAPIDO contamos con servicios de Biología Molecular de frontera aplicados al diagnóstico médico, tales como: Detección de Oncogenes por secuenciación de ADN, detección de patógenos por PCR, RT- PCR y secuenciación de la región 16s del cromosoma bacteriano. A continuación encontrará una lista con los servicios que ponemos a su disposición en el departamento de Biología Molecular y Farmacogenómica de LAPIDO

15 Lista de Precios Detección y genotipificación de Patógenos por PCR Detección de Virus del Papiloma Humano (VPH) 500 Detección de Mycobacterium tuberculosis Detección de Herpes virus tipo Detección de Helicobacter pylori Detección de Epstein Barr virus Detección de Cytomegalovirus Genotipificación del Virus del Papiloma Humano (VPH) 1000 Detección de Chlamydia trachomatis Detección de Parvovirus B Detección de Toxoplasma gondii 1800 Detección de Giardia intestinalis 1800 Detección de Brucella sp Detección de virus Hepatitis B Detección de Treponema pallidum Detección de Mycoplasma pneumoniae Detección de Varicela-Zoster virus Detección de Neisseria gonorrhoeae Detección de Adenovirus Biología Molecular Oncológica y Farmacogenómica. Detección de mutaciones en genes BRCA1 y Detección del oncogén KRAS Detección del oncogén EGFR Detección del oncogén BRAF Detección del oncogén CKIT Detección del oncogén PIK3CA Detección de mutación en JAK Detección de Cromosoma Filadelfia por RT-PCR y tipificación Detección mínima residual de Cromosoma Filadelfia Detección de la fusión ALK- EML4 ( 3 variantes) Síndrome de Lynch Detección de patógenos por RT-PCR Detección de virus de Hepatitis A Detección de Hepatitis C Detección de virus de Rubéola Identificación de bacterias en cultivos axénicos Por PCR de la región 16s y secuenciación. (cualquier bacteria) Detección de Borrelia burgdorferi. 1800