Proyecto Genoma eucem a nfáti r nica

Transcripción

1 Proyecto Genoma Leucemia Linfática Crónica

2 Consorcio Internacional del Genoma del Cáncer Objetivos Identificar las alteraciones genéticas causantes de los 50 cánceres mas frecuentes Mínimo de 500 pacientes por cáncer Nuevas dianas para el diagnóstico y el tratamiento de los enfermos Nuevos fármacos basados en las alteraciones genómicas de los tumores

3 International Cancer Genome Consortium

4 Proyecto Genoma-LLC

5 El Cáncer es una enfermedad genética Ambiente Herencia Proliferación Supervivencia Relación con el entorno Resistencia Tratamiento

6 CCCTCTCTGATTGTCTTTTCCTCAAAGAAGTGCATGGCTGGTGAGGGGTGGGGCAGGAGTGCTTGGGTTGTGGTGAAACATTGGAAGAGAG AATGTGAAGCAGCCATTCTTTTCCTGCTCCACAGGAAGCCGAGCTGTCTCAGACACTGGCATGGTGTTGGGGGAGGGGGTTCCTTCTCTGC AGGCCCAGGTGACCCAGGGTTGGAAGTGTCTCATGCTGGATCCCCACTTTTCCTCTTGCAGCAGCCAGACTGCCTTCCGGGTCACTGCCA TGGAGGAGCCGCAGTCAGATCCTAGCGTCGAGCCCCCTCTGAGTCAGGAAACATTTTCAGACCTATGGAAACTGTGAGTGGATCCATTG GAAGGGCAGGCCCACCACCCCCACCCCAACCCCAGCCCCCTAGCAGAGACCTGTGGGAAGCGAAAATTCCATGGGACTGACTTTCTGCTC TTGTCTTTCAGACTTCCTGAAAACAACGTTCTGGTAAGGACAAGGGTTGGGCTGGGGACCTGGAGGGCTGGGGACCTGGAGGGCTGGGG GGCTGGGGGGCTGAGGACCTGGTCCTCTGACTGCTCTTTTCACCCATCTACAGTCCCCCTTGCCGTCCCAAGCAATGGATGATTTGATGCT GTCCCCGGACGATATTGAACAATGGTTCACTGAAGACCCAGGTCCAGATGAAGCTCCCAGAATGCCAGAGGCTGCTCCCCCCGTGGCCC CTGCACCAGCAGCTCCTACACCGGCGGCCCCTGCACCAGCCCCCTCCTGGCCCCTGTCATCTTCTGTCCCTTCCCAGAAAACCTACCAG GGCAGCTACGGTTTCCGTCTGGGCTTCTTGCATTCTGGGACAGCCAAGTCTGTGACTTGCACGGTCAGTTGCCCTGAGGGGCTGGCTTCC ATGAGACTTCAATGCCTGGCCGTATCCCCCTGCATTTCTTTTGTTTGGAACTTTGGGATTCCTCTTCACCCTTTGGCTTCCTGTCAGTGTTTTT TTATAGTTTACCCACTTAATGTGTGATCTCTGACTCCTGTCCCAAAGTTGAATATTCCCCCCTTGAATTTGGGCTTTTATCCATCCCATCACAC CCTCAGCATCTCTCCTGGGGATGCAGAACTTTTCTTTTTCTTCATCCACGTGTATTCCTTGGCTTTTGAAAATAAGCTCCTGACCAGGCTTGG TGGCTCACACCTGCAATCCC Millones de Nucleótidos genes (3 % del genoma) 220 libros x letras por página sin espacios páginas por libro

7 Centro Nacional de Análisis Genómico 10 Illumina GA2x 4 Illumina qbots The Genomehenge 850 core cluster 1.2 petabyte hardiscs 1 x Equipo Un Genoma Completo 30x 1 semana / 6.000

8 Leucemia Linfática Crónica Leucemia mas frecuente en los países occidentales (5-7 casos /100,000 /año) Enfermedad heterogénea con diferente evolución clínica Tratamientos no curativos Alteraciones genéticas iniciales desconocidas Surviva al 1,0 0,9 0,8 0,7 0,6 0,5 0,4 0,3 0,2 0,1 0,0 Binet A Binet B Binet C Years Evidencias de predisposición genética 100 Ig Mutations Survival 50 p = Months

9 Ministerio de Ciencia e Innovación Instituto de Salud Carlos III Hospital Clínico, Universidad de Barcelona Universidad de Oviedo, IUOPA Instituto de Investigaciones Biomédicas August Pi I Sunyer Centro de Regulación Genómica Instituto Catalán de Oncología Centro Investigación Cancer, Hospital Universitario (Salamanca) Centro Nacional Investigaciones Oncológicas Barcelona Supercomputer Center Universidad de Santiago de Compostela Universidad de Deusto Red de Investigación Cooperativa del Cáncer (RTICC) Redes Nacionales del Banco de DNA y de Tumores Instituto Nacional de Bioinformática (INB) Centro Nacional de Analisis Genómico Consorcio ICGC - CLL

10 Puente et al, Nature 2011

11 Consorcio Genoma LLC un esfuerzo multidisciplinar Bioética Epidemiología Pacientes Análisis muestras Estudios Genómicos Bioinformática Estudios Complementarios & Funcionales

12 4 casos de LLC 2 Agresivos 2 Indolentes Genomas Completos ADN Normal / Tumor Mutaciones Estudios Funcionales Estudios Clínicos > 300 pacientes

13 Perfiles Mutacionales en LLC Puente et al, Nature 2011

14 Ganancias y pérdidas genómicas en CLL Chromosome 13 Chr. 6 hsa-mir-15a CLL4 CLL3 CLL1 hsa-mir-16-1 CLL1-13q14.2-q q14.3 (HD) -13q14.2-q14.3-6q14.1-q22.2 Chr. 1 Chr. 2 Chr. 3 Chr. 6 Chr. 12 CLL2 +1q21.1,+1q p q q15-q q13.13-q13.2

15 Genes mutados de forma recurrente en LLC Gene Mutation Mutated cases / total Overall frequency (%) Frequency in IGHVunmutated (%) Frequency in IGHV- mutated (%) NOTCH1 P2515Rfs*4 Q2503* F2482Ffs*2 29/255 1/255 1/ MYD88 L265P 9/ XPO1 E571K E571G 3/165 1/ KLHL6 F49L/L65P L90F L58P/T64A/Q81P 3/ Puente et al, Nature 2011

16 Genomas completos de 4 pacientes con LLC Aproximadamente 1000 mutaciones adquiridas en el ADN tumoral 46 mutaciones con efecto potencialmente oncogénico Estudios clínicos en más de 300 pacientes 4 genes mutados en > 3% de pacientes (3-12%) Mutaciones diferentes en subtipos clínicos (6-20%) de la enfermedad Desarrollo y validación de un método bioinformático muy sensible para detectar mutaciones

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18 ICO Hospital Clinic Universidad Universidad Barcelona Oviedo CIC, Salamanca Universidad Santiago CRG Universidad Deusto BSC CNAG, Barcelona CNIO, Madrid International Cancer Genome Consortium - Leucemia Linfática Crónica