TÉCNICAS DE DIAGNÓSTICO CITOGENÉTICO

Transcripción

1 TÉCNICAS DE DIAGNÓSTICO CITOGENÉTICO MERCEDES NAVARRO DE MIGUEL MSc. Gené5ca y Biología del Desarrollo. Hospital Universitario de Elche,30 de Noviembre de 2016.

2 CARIOTIPO CITOGENÉTICA FISH CITOGENÉTICA MOLECULAR ARRAY- CGH GENÉTICA MOLECULAR SECUENCIACIÓN MASIVA SECUENCIACIÓN SANGER MLPA

3 INDICACIONES INDICACIONES PRENATALES INDICACIONES POSTNATALES TEA,DÉFICIT INTELECTUAL: MODELO COMPLEJO

4 INDICACIONES PRENATALES

5 INDICACIONES POSTNATALES ü Evaluación clínica Mul;disciplinar. Árbol genealógico

6 TEA,DÉFICIT INTELECTUAL: MODELO COMPLEJO P.Chiurazzi, Pirozzi, 2016

7 ETIOLOGÍA DE LA DISCAPACIDAD INTELECTUAL

8 DIAGNÓSTICO GENÉTICO EN DÉFICIT INTELECTUAL Diagnós5co ID Sospecha Clínica ID Inespecífica Sd. X- frágil (FMR1) Esclerosis tuberosa (TSC1 y TSC2) Neurofibromatosis (NF1) Sd. Rec(MECP2) Sd. Williams( Del 7q11.23) Cri- Du- Chat(Del 5p Ter) Sd. Kabuki(MLL2) CNVp o CNVpp Array- CGH Nega5vo Posi5vo Posi5vo Nega5vo Confirmación del Síndrome Cribado X- frágil Confirmación y herencia. (MLPA, FISH,Q- PCR, cario5po) Posi;vo Sd. X- frágil Nega;vo Del/Dup patogénica o probablemente patogénica Secuenciación masiva (NGS): panel/exoma clínico/genoma

9 TÉCNICAS DE DIAGNÓSTICO CITOGENÉTICO CARIOTIPO FISH Array- CGH

10 ESTUDIO CITOGENÉTICO CLÁSICO CITOGENÉTICA MOLECULAR

11 Estudios de Citogené5ca molecular para la detección de desequilibrios genómicos. Análisis global del cario;po mediante sondas fluorescentes con técnicas de alta resolución.

12 ESTUDIO CITOGENÉTICO CLÁSICO Cario;po FISH Array- CGH 5-10Mb. Resolución bandeado.

13 CARIOTIPO Citogené5ca Estudio de los cromosomas y de sus anomalías. Citogené5ca Cons5tucional Se ocupa del análisis de los cromosomas en células que representan la línea germinal del individuo (habitualmente linfocitos de sangre periférica), y se llama así para dis;nguirla de los estudios citogené;cos sobre poblaciones celulares concretas que no representan la cons;tución gené;ca de todo el individuo (células somá;cas, por ejemplo las células de un tumor).refleja la estructura cromosómica que ha sido heredada y a su vez transmi;da a la descendencia. La citogené;ca clásica se basa en la creación y análisis del cario5po.

14 CARIOTIPO El cario5po es la presentación ordenada de los cromosomas cuando se hacen visibles en metafase.

15 CARIOTIPO: Qué nos permite ver el cario5po? Cambios que resultan de una alteración visible de los cromosomas. Tamaño mínimo de las regiones alteradas: 5-10Mb a 100 genes de media

16 CARIOTIPO:CASO PRÁCTICO ALTERACIÓN NUMÉRICA

17 TIPOS DE ALTERACIONES GENÉTICAS SEGÚN CÉLULAS AFECTADAS

18 TIPOS DE ALTERACIONES GENÉTICAS SEGÚN CÉLULAS AFECTADAS Mosaicismo placentario: Pseudomosaicismo, mosaicismo confinado a placenta, mosaicismo verdadero Mosaicismo cromosómico: cuando un individuo ;ene dos o más líneas celulares con diferente dotación cromosómica.

19 His karyotype was 46, XY, r(20)/46, XY with mosaicism of 40%.

20 CASO PRÁCTICO:MOSAICISMO CROMOSÓMICO

21 CASO PRÁCTICO:MOSAICISMO CROMOSÓMICO

22 CARIOTIPO:REORDENAMIENTOS EQUILIBRADOS: NO HAY PÉRDIDA DE MATERIAL CROMOSÓMICO INVERSIÓN PARACÉNTRICA INVERSIÓN PERICÉNTRICA TRASLOCACIONES INTERRUPCIÓN DE GENES TRASLOCACIÓN ROBERTSONIANA

23 CARIOTIPO:REORDENAMIENTOS DESEQUILIBRADOS: HAY PÉRDIDA DE MATERIAL CROMOSÓMICO CROMOSOMAS EN ANILLO DELECCIONES DUPLICACIONES INSERCIONES

24 Segregación cromosómica en una traslocación: Puede dar lugar a gametos desbalanceados SEGERACIÓN ALTERNA SEGREGACIÓN ADYACENTE

25 CASO PRÁCTICO:TRASLOCACIÓN CROMOSÓMICA

26 Segregación cromosómica en una traslocación: Puede dar lugar a gametos desbalanceados

27 ESTUDIO CITOGENÉTICO CLÁSICO Cario;po FISH Array- CGH 2-3 Mb ESTUDIOS DIRECTOS: Sospecha traslocación subtelomérica. Estudios de comprobación de Array CGH Síndromes conocidos : Cri- Du- chat (5p)

28 ESTUDIO CITOGENÉTICO MOLECULAR: FISH HIBRIDACIÓN IN SITU Estudio de regiones subteloméricas para el estudio de reordenamientos críp5cos.

29 ESTUDIO CITOGENÉTICO MOLECULAR: FISH HIBRIDACIÓN IN SITU

30 TÉCNICAS DE DIAGNÓSTICO CITOGENÉTICO CARIOTIPO FISH Array- CGH 0,04Kb- 35Kb Arrays de diseño específicos dependientes de distribución de sondas Arrays de SNP

31 ARRAY- CGH

32 ARRAY- CGH GANANCIA Y PÉRDIDA DE MATERIAL. No detecta alteraciones balanceadas.

33 ARRAY- CGH Limitaciones: Reordenamientos cromosómicos balanceados. Límite de resolución: - Número de sondas - Espaciado Microduplicaciones o delecciones inferiores al rango - Distribución de resolución de la plataforma empleada Las alteraciones presentes en mosaico menores al 30%- 25%. 60K: sondas, con un límite de resolución de 200Kb 180K: sondas, con un límite de resolución de 60 Kb Poliploidías. 400K: sondas, con un límite de resolución de 25Kb

34 ARRAY- CGH RESOLUCIÓN + ARRAYS GENÓMICOS BACs: kB Array que cubre 200 Sd. Genómicos OLIGÓMEROS:25-80 nucleó5dos Array: K _ SNP: Acotar puntos de rotura con precisión. Disomía Uniparental Arrays personalizados,arrays exónicos Arrays de Au;smo, Array de Displasias óseas

35 Caso prác5co :delección cromosoma 22

36 ARRAY CGH INTERPRETACIÓN DE DATOS DEL ARRAY. Análisis del sokware Web Browser In house database OTHER GENOMICS DATAS OTHER STRUCTURAL DATABASES

37 ARRAY CGH CLASIFICACIÓN DE CNV ( Variantes Numero de Copia) CNV patogénica: a)existe asociación cienmfica documentada con un feno;po determinado. b)el tamaño de la alteración es grande y, si bien no hay alteraciones similares descritas en la literatura, solapa con intervalos menores claramente asociado conpatología descrita en la literatura. CNV de significación clínica desconocida probablemente patogénica.: a)la CNV se ha descrito al menos en una ocasión con feno;po definido y relevante para los hallazgos del paciente o b) algunos de los genes incluídos en la CNV ;ene relevancia en la clínica del paciente. CNV de significación clínica desconocida: a)no descrito en la literatura, b) con;ene genes con función desconocida o no relacionada con la clínica del paciente. CNV de significación clínica desconocida, probablemente benigna: a)no con;ene genes, se ha observado en pocos individuos aparentemente normales b)genes no realcionados con SNC CNV benigna: es frecuente y se observa en >1% de la pobación. Incidental finding (IF): Detección de alteraciones patogénicas o probablemente patogénicas en genes que aparentemente no son relevantes para la indicación diagnós;ca para la que se solicitó el test, pero que pueden tener importancia en la salud o reproducción del paciente o de su familia.

38 ESTUDIOS INTEGRADOS Estudios Integrados: Cario5po +Array- CGH+FISH

39 CASO PRÁCTICO: ESTUDIOS INTEGRADOS

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43 FISH PACIENTE: DELECCIÓN FISH PROGENITOR: TRASLOCACIÓN

44 CARIOTIPO CITOGENÉTICA FISH CITOGENÉTICA MOLECULAR ARRAY- CGH GENÉTICA MOLECULAR SECUENCIACIÓN MASIVA SECUENCIACIÓN SANGER MLPA

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